W związku z pogorszającą się sytuacją finansową Kościoła w Szwajcarii, na poczatku 2003 roku Polska Misja Katolicka w Marly znalazła się praktycznie na progu likwidacji. Szwajcarskie władze kościelne odmówiły bowiem jej finansowania, a "Migratio" wymówiło owczesnemu Rektorowi PMK, ks. Krystianowi Gawronowi umowę o pracę, wstrzymując przy tym wszelkie dotacje. Zmusiło to Księdza Rektora do wystąpienia o przyznanie mu należnego zasiłku dla bezrobotnych (curiosum w skali światowej). Misja została więc skazana na samofinansowanie pomimo faktu, że Polacy w zasadniczej większości rzetelnie płacą podatek kościelny na rzecz Kościoła w Szwajcarii. Z tego pochodziły i nadal pochodzą fundusze m.in. na finansowanie innych misji obcojęzycznych. Wobec tej sytuacji - i właśnie w tym celu - powstała idea stowarzyszenia dla ratowania Misji-Matki, której działalność trwa już prawie 71 lat i stanowi dziedzictwo naszych poprzedników.
Na walnym zebraniu założycielskim w dniu 19.10.2003 roku zostało, ustanowione Stowarzyszenie Przyjacioł Polskiej Misji Katolickiej w Marly, a na walnym zebraniu wyborczym w dniu 17.01.2004 roku przyjęto statut i uchwalono zarząd. Tym samym Stowarzyszenie uzyskało podstawy formalno-prawne, niezbędne do realizacji swojego celu. Na nadzwyczajnym walnym zebraniu w dniu 18.09. 2004 roku. wniesiono poprawki do statutu, aby go dostosować do wymogów, jakie postawiła Federacja Katolików Romańskich. Stowarzyszenie zostało wpisane do rejestru handlowego i w dniu 26.01.2005 uzyskało osobowość prawną.
